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DNA配列から生存分析まで、医学分野への応用を分かりやすく解説！
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多田 光宏・矢野 雅裕 共著
2007年 7月24日発売
B5変型判
192ページ
［CD-ROM付］
価格 \2,750（本体 \2,500）
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ISBN978-4-7775-1299-7 C3047 \2500E
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近年のパソコンの普及や「バイオ・インフォマティクス」(生物情報学)の発展に伴い、医薬領域の研究にプログラミング言語を使う機会が増えてきています。
技術計算用ソフト「MATLAB」(マットラブ)は、遺伝子やDNAの配列解析のような、膨大な量のデータ解析や検証が必要となる「バイオ・インフォマティクス」の分野でも、広く利用されています。
本書は、MATLABの基本操作からエクセルとの連係、「MEX関数」(MATLAB Executable Function）の作り方と使い方からはじめて、Web上の遺伝子データベースからの情報入手、統計処理、DNAの解析や患者の生存分析など、「バイオインフォマティクス」の応用を、分かりやすく紹介したものです。
本書後半で扱う「MEX関数」は、Fortran、C、C++などをMATLAB上で使えるようにするもので、「処理の高速化」「既存のFortran、C、C++のコードの利用」などに、有用なものです。
また「付録」には、著者が作成した、本書で紹介している「MATLAB関数」「MEX関数」のプログラムを収録しています。
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| ■ 主な内容 ■ |
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はじめに
| [0.1] 本書の特徴 |
[0.2] MATLABの入手法 |
| [0.3] MEX関数について |
[0.4] 本書で扱う関数の表記方法 |
| [1.1] DNA配列・アミノ酸配列(文字列)と整数の相互変換、コード化 |
[1.2] フルパス指定 |
| [1.3] MATLABの変数型 |
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| [2.1] 「クリップボードのアミノ酸」「DNA塩基配列」、テキストをペーストする |
| [2.2] テキスト・ファイルを読み込む |
[2.3] 「FASTA形式」のファイルを読み込む |
| [2.4] FASTA形式で配列を保存する |
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| [3.1] コマンドラインの同一箇所にプログラムのループの状態を表示する |
| [3.2] 配列がRNAか否かを判定する |
[3.3] RNA/DNA塩基配列の処理 |
| [3.4] アミノ酸を3つの読み枠で翻訳する |
[3.5] 配列から「Open Reading Frame」を探し出す |
| [3.6] 配列にスケールをつけて表示する |
[3.7] テキストをたたんで表示する |
| [4.1] 「ActiveX」を使ったExcelとの更新 |
[4.2] Excelとのデータ送受信 |
| [5.1] Javaインターフェイスを利用したインターネット接続とデータ取得 |
| [5.2] GenBankからのデータ取得 |
[5.3] EntrezGeneからデータを取得する |
| [5.4] EntrezGeneからエキソン・イントロンのデータを取得する |
[5.5] エキソン・イントロンの構造図を図示する |
| [6.1] あいまい一致検索をする(1) |
[6.2] あいまい一致検索をする(2) |
| [6.3] [応用]制限酵素サイトを検索する |
[6.4] 回文配列を検索する |
| [7.1] ペアワイズ・アライメント |
[7.2] スコアリング・モデル |
| [7.3] 大域的整列を局所的整列アルゴリズム |
[7.4] 塩基組成を数える |
| [7.5] ピクトグラムを描く |
[7.6] 配列の複雑度を調べる |
| [8.1] 生存分析の方法 |
[8.2] 「KAPLAN_MEIER.M」関数を用いた生存分析 |
| [8.3] 生存率検定 |
[8.4] Cox比例ハザードモデル解析(単変量) |
| [9.1] 膜貫通領域を予測する |
[9.2] 淡白二次構造を予測する |
| [9.3] 抗原エピトープを予測する |
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| [付録1] 「CSV」「TSV」形式のファイルからデータを取得する関数 |
[付録2] スプライス部位を予測する関数 |
| [付録3] RNAの二次構造を予測する関数 |
[付録4] EMBOSSアプリケーション・ソフト |
参考文献・参考図書
索引
●オリジナルMATLAB関数を収録
※ 内容が一部異なる場合があります。発売日は、東京の発売日であり、地域によっては１〜２日程度遅れることがあります。あらかじめご了承ください。
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